大正3年（1914年）宮田駅からの延伸時に「大田切停留場」として開業。一旦廃止されたものの、昭和21年（1946年）に「大田切駅」として再開業。現在の待合室は、平成11年（1999年）に改修されたものです。大田切駅のすぐ北を流れる太田切川の鉄橋工事は、当時としては大規模なもので、見物人が後を絶たなかったと言われています。 中央アルプスを背景に、この鉄橋を渡る電車を撮影できるため、写真撮影スポットの一つになっています。

大正3年（1914年）10月31日「赤穂駅」として開業。開業当時から敷地が広く、変電所に加えて、かつては、車両工場や伊那電気鉄道株式会社赤穂支社の建物も存在しました。昭和29年(1954年)の合併で駒ヶ根市が誕生したのに伴い、昭和34年（1959年）に「駒ヶ根駅」に改称。 現在の駅舎は昭和55年（1980年）に改築した建物です。平成25年（2013年）から駒ヶ根市による簡易委託駅になり、併せて、駅舎内に市民サービスコーナーが設置されました。

大正3年（1914年）赤穂駅からの延伸時に「小町屋停留場」として開業。昭和18年（1943年）に「小町屋駅」となりました。かつては、駅近くに平屋建ての切符売り場がありましたが、昭和46年（1971年）に無人化。平成20年（2008年）に南田市場土地区画整理事業に伴い、ホーム、待合室、駅前広場が改修され、ホームが線路の西側から東側に移りました。

大正3年（1914年）12月26日、赤穂駅から延伸した際、終着駅の「伊那福岡駅」として開業。かつては、専用貨物線や駅員配置もありましたが、昭和58年(1983年)までに廃止、無人駅となりました。平成16年（2004年）に、飯田線の特徴の一つでもある「Ω（オメガ）カーブ」を模った現在の待合所が完成。平成24年（2012年）には駅前広場が整備されました。